Челюстните синуси се засягат при различни заболявания:
Синуити
Представляват възпаления в синусната кухина, които може да са следствие на различни причини (възпаление на носа, на горните кътници, попадане на чужди тела в синуса и т.н.). Острото възпаление понякога изисква извършването на синусна пункция, чрез която да се изтегли гнойната колекция от синуса и същият да се промие с дезинфекционен разтвор.
Хроничното синусно възпаление често пъти изисква оперативна намеса за отстраняването на полипозно изменената синусна лигавица;
Оро-антрални комуникации
понякога след изваждане на горни кътници се образува връзка между синуса и устата (оро-антрална комуникация), която трябва да бъде пластично затворена с околни меки тъкани, за да не позволи навлизането на храна в синуса и синусно възпаление. Намесата се извършва под местна упойка. Конците се снемат след седмица;
Синусни кисти
Могат да се образуват от синусната лигавица или пък да прораснат откъм зъбите и челюстта. Оперативното им премахване се налага, поради възможността за възпаление поради запушване на отвора на синуса към носа и задръжка на секрети или (при големи кисти) изместване на пода на орбитата и нарушаване на очните движения;
Синусни тумори
Могат да са доброкачествени или злокачествени. Оперират се под обща упойка, след хистологично изследване (биопсия);
Синус-лифтинг
Извършва се между синусната лигавица и челюстта, като целта му е да създаде достатъчно кост за имплантиране на зъбопротезни импланти.